Италии мало беспокоило короля, считавшего Борджиа слишком непостоянным, чтобы стать настоящим другом. Когда Чезаре, после побега от испанцев, потребовал доходы от своих французских владений, Людовик вместо этого конфисковал их и лишил его всех французских титулов. Вероятно, именно французский король приказал генуэзским банкирам не отдавать деньги Борджиа. Однако возможно и то, что это сделал Юлий II, поскольку, будучи уроженцем Савоны, расположенной к западу от Генуи и входящей в её контрадо, и родственником влиятельной семьи Фрегози, он обладал среди генуэзцев широким влиянием[591].

По той же причине, когда в Генуе в 1506 году вспыхнул мятеж против французского правления, практически все считали, что Папа приложил руку к его разжиганию. Мятеж в Генуе в начале 1506 года стал следствием французской оккупации в 1499 году, и дал городской аристократии возможность вернуть себе политическую власть утраченную 150 лет назад. Завладев Генуей Людовик ничего не сделал для смягчения ожесточенных социальных противоречий в городе[592]. Серия уличных столкновений между группами дворян и простолюдинов переросла в повсеместное нападение на знать и требования создания народного правительства. Когда начались беспорядки, французский губернатор Генуи Филипп Клевский находился во Франции, а его лейтенант Пьер де Рокбертен явно сочувствовал народной партии. Его обвинили в получении взятки в размере 10.000 экю, но, возможно, это было единственным объяснением его поддержки народной партии[593].

Обе генуэзские партии стремились привлечь внимание короля, отправляя к нему делегации. В письме к народной фракции он ответил, что крайне обеспокоен известиями о ссорах и насилии и хочет, чтобы жители его прекрасного города жили в мире и процветании, далее он сообщил, что приказал Филиппу Клевскому вернуться на свой пост, и пообещал восстановить справедливость для обеих сторон. Филипп прибыл в Геную в начале августа 1506 года с отрядом из тысячи солдат и немедленно воздвиг на городской площади виселицу, чтобы показать, как он намерен бороться с беспорядками. К сожалению, он не выполнил своего обещания, и после новой вспышки бунта позволил народной партии убедить себя изгнать дворян из города. Он также разрешил избрать новых муниципальных чиновников. Людовик, стремясь избежать новых проблем и убежденный Филиппом в правильности принятых мер, одобрил эти действия.

Как это часто случалось в истории, уступки лишь подстегнули горячие головы из генуэзской народной партии к стремлению к ещё большим уступкам. Убежденные в том, что их новая власть не будет прочной, пока дворяне владеют контрадо, отряды народного ополчения были отправлены для оккупации сельской местности, происходившей с переменным успехом. Вскоре народные лидеры решили сосредоточиться на Монако, оплоте влиятельной генуэзской семьи Гримальди. Привычка Гримальди взимать незаконные пошлины с судов, проходящих мимо Монако, привела к королевскому эдикту направленному против них, и народные лидеры посчитали, что могут завоевать это место под предлогом выполнения королевской воли. Таким образом, в начале декабря 1506 года отряд численностью около 4.000 человек осадил Монако.

Людовик XII был в ярости, узнав о происходящем от посланников генуэзской знати, предложивших ему субсидию в 100.000 дукатов за применение силы для обуздания народной партии[594]. Юлий II сообщил Генуе, что его нунций во Франции написал, что никогда не видел короля таким разгневанным, до такой степени, что никто не осмеливался в его присутствии произнести название города. Людовик отозвал Филиппа Клевского и приказал Иву д'Алегру, находившемуся тогда в Милане, отправиться на помощь Монако. Когда д'Алегр собрал в Асти 1.000 кавалеристов и 4.000 пехотинцев, генуэзцы предприняли отчаянную попытку захватить Монако до его прибытия. 10 марта, после ожесточенной бомбардировки, они предприняли генеральный штурм стен. Обороняющиеся отбили штурмующих, и тем пришлось отступить при приближении армии д'Алегра.

Очевидное вмешательство французов на стороне генуэзской знати довело антагонизм внутри города по отношению к французам до апогея. Враждебное поведение французского гарнизона занимавшего городскую цитадель, захватившего пленных ради выкупа и беспорядочно обстреливавшего город из пушек, ещё больше взбудоражило население. Генуэзцы осадили цитадель и гарнизон согласился капитулировать с правом свободного выхода, но разгневанные люди устроили солдатам резню, когда те вышли за стены. Понимая, что перешли черту и подняли открытое восстание, генуэзцы 10 апреля 1507 года на общем собрании провозгласили независимость своего города и восстановление старой республики. Паоло да Нови, красильщик по профессии и один из самых ярых лидеров народной партии, был избран дожем (герцогом). Этими действиями Генуя не только демонстративно пренебрегла властью Людовика, но и перешла под контроль своих ремесленников и рабочих[595].

Людовик XII был хорошо осведомлен об этих событиях и в начале кризиса выразил желание лично отправиться на место событий, чтобы восстановить порядок и наказать виновных. Король покинул Блуа 29 января 1507 года и медленно продвигался через Бурж в Лион и Гренобль, где отпраздновал Пасху. За шесть дней вместе с Жоржем д'Амбуазом он пересек Альпы. Сен-Желе отмечал, что во время путешествия король испытывал сильные боли, но настаивал на том, чтобы ехать на своём коне в доспехах, чтобы "утешить всех своих подданных"[596]. Уехав вперёд, д'Амбуаз встретил в Асти своего племянника Шарля, где они осмотрели собравшиеся там войска, состоявшие из 1.400 кавалеристов и 10.000 швейцарцев[597]. Эта армия приближалась к Генуе с северо-востока, в то время как войска д'Алегра двигались на неё с запада. Людовик прибыл в Асти 15 апреля, после того как основные силы уже ушли. С ним приехали "все воины Дофине и Савойи, все принцы и великие сеньоры Франции (за исключением Франциска Ангулемского, второго по значимости человека в королевстве) и большое количество молодых дворян, которые, не получая жалования и видя, как король отправляется в путь, решили искать почестей и сражений". Наконец, к Генуе был отправлен флот из четырёх галер и восьми галеонов под командованием Прежена де Биду[598].

Несмотря на огромное количество войск, направленных против Генуи, она отказалась уступить. Людовик покинул Асти 21 апреля, чтобы присоединиться к армии. Д'Отон, находившийся рядом с ним, описал, как Людовик в полных доспехах смог сесть на своего коня без посторонней помощи[599]. Король приказал не нападать на Геную, пока он лично не прибудет, чтобы командовать войсками. Три дня спустя Жак де Шабанн де Ла Палис возглавил мощный авангард, прошедший через перевалы к северу от Генуи. Войскам генуэзцев не удалось остановить французское наступление и поэтому они попросили о переговорах, но когда кардинал д'Амбуаз выехал навстречу своему коллеге переговорщику, завязалась ожесточенная битва. Каждая сторона обвиняла другую в начале сражения, длившегося целый день. В результате генуэзцы были вынуждены ретироваться за городские стены, после чего муниципалитет поспешно согласился принять требование Людовика о безоговорочной капитуляции. Новый дож и многие другие, причастные к восстанию, бежали, а население мрачно ожидало своей участи. К счастью для Генуи, Людовик хотел лишь вернуть город пол свою власть и не желал наказывать народ,